Kafile Başkanı Albay Osman Bey, gemi komutanı da Yarbay Ali Bey’di. Gemide özel olarak seçilen 56’sı subay toplam 609 mürettebat vardı. O yıl Bahriye Mektebini bitiren genç teğmenlerin tamamı da gemiye alınmış ve bu uzun gezide tecrübelerini artırmaları hedeflenmişti. Gemi, Sultan II. Abdülhamid’den Japon İmparatoruna mücevherli imtiyaz nişanı ve diğer hediyeleri götürecekti.

Ertuğrul Fırkateyni, Temmuz 1889’da İstanbul’dan yola çıktı. Güzergahı boyunca çeşitli limanlara uğrayarak seyahat ediyordu. Fırkateyn Singapur’a vardığında Kafile Başkanı Albay Osman Bey Amiralliğe terfi ettirildi. Kafile, uğradığı ülkelerin halkları ve Müslümanlar tarafından görkemli sevgi gösterileriyle karşılanıyor, gemiyi kimi zaman binlerce kişiden oluşan gruplar ziyaret ediyordu. Gemi, 11 ay sonra 7 Haziran 1890 tarihinde Japonya’nın Yokohama Limanına vardı.

Japon İmparatoru, Türk amiralini ve heyetini görkemli bir şekilde karşıladı. Şehir halkı Türk amiralinin saray arabası ile İmparatorun yanına gidişini sevgi gösterileriyle takip etti.

Ertuğrul Fırkateyni, Japon sularında kaldığı üç ay boyunca etrafındaki binlerce Japon kayığına 50 kişilik bandosuyla konserler verdi. Nihayet geri dönüş yolculuğu için hazırlıklar tamamlandı. Yola çıkılacağı gün Japon Bahriyesinin tayfun uyarısına rağmen, Ertuğrul Fırkateyni planlandığı gibi 15 Eylül 1890 tarihinde Yokohama Limanı’ndan ayrıldı. Kushimoto açıklarında tayfuna yakalanan Ertuğrul Firkateyni 16 Eylül 1890’da kayalara çarparak battı. Kazadan sadece 69 denizci kurtulabildi, Amiral Osman Bey de dahil diğer mürettebat hayatını kaybetti.

Ertuğrul Fırkateyni’nin trajik sonu Türk-Japon halklarını yakınlaştırdı. Yöre halkı, kazadan kurtulanlara büyük yardım ve yakınlık gösterdi. Torajiro Yamada isimli bir Japon, şehit yakınları ve kazazedeler için yardım kampanyası düzenledi. Toplanan para aynı kişi tarafından dönemin padişahına teslim edildi. Hayatta kalan 69 denizci, Japonya İmparatorunun talimatıyla Hiei ve Kongo isimli iki askeri gemi ile İstanbul’a gönderildi.

Kazada ölenlerin anısına Kushimoto’da bir Anıt yapılmıştır. İlk anıt Japonlar tarafından 1891’de dikilirken, 1929 yılında yine Japonlar tarafından genişletilmiştir. Şehitlik Anıtı, 3 Haziran 1929 tarihinde Japon İmparatoru tarafından da ziyaret edilmiştir. 1937’de Türkiye tarafından restore edilen anıt önünde her yıl düzenli olarak anma törenleri yapılmaktadır.

Kushimoto kasabası Mersin ve Yakakent ile kardeş şehirdir. Kushimoto’da bir de müze bulunmaktadır. 1974 yılında inşa edilen "Türk Müzesi"nde Ertuğrul Fırkateyni’nin maketi, gemideki asker ve komutanların fotoğrafları ve heykelleri bulunmaktadır.